在这部影片的情节里，故事将会被放在变种动物之间。换而言之，影片中或许会出现多种变种生物，而不仅仅只有忍者神龟。这一版的《忍者神龟》将会“突出神龟们的少年属性”。影片改编自幻影工作室（Mirage Studios）1984年发行的美国漫画，主要讲述了在纽约一条大街的地下管道里住着四只功夫高强的忍者神龟和他们的老师斯普林特——一只来自日本的超级大老鼠。这四只神勇无比、所向无敌、神气十足的小乌龟，手执忍者刀、武士棒、双截棍和钢叉，披挂上阵英勇迎敌，团结如兄弟，不畏邪恶与恐吓，始终与妖魔鬼怪斗争着。

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